Un prieuré est attesté par une charte d’ANSERIC, archevêque de Besançon envers GERMAIN, prieur de CHERLIEU en 1127.

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La période de prospérité du XIIème au XVème siècles

 
Le 17 janvier 1131, GUY premier abbé de CHERLIEU fut envoyé par Bernard de CLAIRVAUX avec douze compagnons pour établir la règle cistercienne. La prospérité fut alors rapide et CHERLIEU essaima pour fonder à son tour quatre abbayes nouvelles dont ACEY dans le Jura dans la décennie qui a suivi sa création.

Les XIIème et XIIIème siècles ont vu l’abbaye s’enrichir de nombreuses possessions. A la tête d’un important domaine géré par le moyen de granges (17 en 1160) ses revenus surpassaient ceux de toutes les autres abbayes cisterciennes de Franche-Comté. L’église l’une des plus vastes de la province fut bâtie entre 1150 et 1220 (nef longue de 100mètres environ, sept chapelles rayonnantes). Malgré les vicissitudes, famines, guerres et pillages des XIVème et XVème siècles, la prospérité dura jusqu’au début du XVIème siècle.

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La période difficile XVIème et XVIIème siècles 

 

Mais l’abbaye périclita avec le système de la commande introduite en 1522. Elle fut en outre incendiée par les troupes protestantes en 1569. Elle fut relevée de ses ruines au début du XVIIème siècle par l’archevêque abbé Ferdinand de RYE mais dut subir de nouvelles graves déprédations pendant la guerre de Dix-Ans. 

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Le nouveau palais

Au début du XVIIIème siècle, deux abbés bâtisseurs J.A de BROISSIA et A.F de BLITTERSWICK de MONTCLEY élevèrent les bâtiments conventuels conservés actuellement. A la fin du XVIIIème siècle le dernier abbé Jacques de VERMONT fit construire un somptueux palais abbatial entourant un original cloître circulaire dont il ne reste plus rien en élévation. 

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La Révolution 

Elle fut fatale à l’abbaye : les bâtiments sont lotis ou démolis, le mobilier vendu, l’église sert de carrière de pierres.

 

 

Classées puis déclassées, les ruines de Cherlieu sont protégées actuellement au titre des Monuments historiques depuis 1984.